Es la entidad responsable de establecer la congruencia con los programas sectoriales, las políticas generales y definir las prioridades en materia de combate a la corrupción, además de aprobar los proyectos de programas operativos anuales y financieros de presupuestos de ingresos y egresos y sus modificaciones, entre otras atribuciones indelegables previstas en el artículo 61 de la Ley de las Entidades Paraestatales del Estado de Baja California.

Es el ente responsable de la coordinación y eficacia del Sistema Estatal Anticorrupción, se encarga de establecer las políticas públicas a implementarse obligatoriamente en todos los entes públicos y la Secretaría Ejecutiva funge como su órgano de apoyo técnico.

También tiene la atribución indelegable de nombrar y remover, por mayoría calificada, al Secretario Técnico.

La Secretaria Ejecutiva operará mediante un Órgano de Gobierno, el cual estará a cargo del presidente del Comité de Participación Ciudadana y lo integran los miembros del Comité Coordinador.

Celebrará anualmente por lo menos cuatro sesiones ordinarias y las extraordinarias que se consideren convenientes para desahogar los asuntos de su competencia, cuyos acuerdos, resoluciones y determinaciones se tomarán por mayoría y, en caso de empate, el presidente tendrá voto de calidad.

Podrán participar con voz, pero sin voto aquellas personas que el órgano de gobierno, a través del Secretario Técnico, decida invitar en virtud de su probada experiencia en asuntos que sean de su competencia.